Les chauves-souris sont inventoriées depuis trois décennies dans le département du Cher et 23 espèces ont pu y être identifiées à ce jour. Sur les 1300 colonies de mise-bas connues, 800 appartiennent aux Pipistrelles et 150 aux Sérotines communes. Ces sites, dont les propriétaires sont souvent des acteurs pour les suivis de populations, permettent d’avoir une bonne idée des densités de ces espèces dites communes à l’échelle régionale. Un réseau de sites protégés en APPB ou en Natura 2000 regroupe des sites d’hibernation et de reproduction dans des carrières souterraines et des combles de bâtiments, avec notamment l’un des plus gros rassemblement hivernal français pour le Grand murin. Les expertises, comme les actions de sensibilisation ou de conservation, sont menées ou coordonnées sur le département par le Muséum d’Histoire Naturelle de Bourges

L’étude des Chiroptères en Eure-et-Loir est très récente, comparée aux autres départements de la Région Centre-Val de Loire. Les grands sites d’hibernations étaient alors suivis par les associations limitrophes du département. C’est dans les années 1990, au travers la création des premières associations naturalistes que l’étude des chauves-souris a pris son essor. Depuis, le suivi scientifique, la sensibilisation et la conservation sont assurés par divers organismes tels qu’ATHENA, Eure-et-Loir Nature, l’ONCFS ou encore le Parc Naturel Régional du Perche. La vallée du Loir, la vallée de l’Eure ou le Perche figurent parmi les entités naturelles les plus intéressantes et abritent les principaux sites d’hibernation. Les efforts des chiroptérologues Eureliens ont permis de recenser une vingtaine d’espèces, même si un travail de recherche des colonies de reproduction reste encore à réaliser.

La chiroptérologie a débuté dans l’Indre à la fin du XIXème siècle avec Raymond Rollinat, il a principalement étudié l’anatomie des chauves-souris, ainsi que leur régime alimentaire, leur reproduction, leur comportement et notamment l’hibernation et l’écholocation. Il faut attendre les années 1980, pour que des inventaires et suivis se mettent de nouveau en place.

Le département est à cheval entre deux zones géologiques : la Bassin parisien et le Massif central. Cette diversité de sous-sol permet d’avoir différents types de sites souterrains : les carrières souterraines de calcaire en Boischaut nord, vallée de l’Indre et localement en Pays blancois, des réseaux karstiques relativement développés en vallées de la Creuse et de l’Anglin et pour finir des mines d’extraction désaffectées en Boischaut sud, sans oublier le nombre important de châteaux avec leurs caves.

L’Indre compte 23 espèces de chauves-souris et 8 à 9000 individus sont recensés chaque hiver. Plusieurs sites sont d’importance nationale : les caves champignonnières de Palluau (CEN Centre) avec plus de 2000 individus en hibernation, la Réserve Naturelle Régionale du Bois des Roches (CEN Centre) à Pouligny-Saint-Pierre avec son réseau de grottes naturelles et sa colonie de mise bas de Rhinolophe euryale de plus d’un millier d’individus et l’île de la Marquise à Bélâbre (Indre nature) avec une colonie mixte de mise bas de plus d’un millier de Grand Rhinolophe, Murin à oreilles échancrées et Rhinolophe euryale.

L’étude des chauves-souris en Indre-et-Loire commença dans les années 1990, sous l’impulsion des spéléologues. Comme partout en France, ces derniers commencèrent à visiter les nombreuses carrières souterraines, abondantes dans le département, à la recherche de ces animaux endormis. En effet, l’Indre-et-Loire héberge environ 15 000 chauves-souris en hibernation, étudiées par les différentes associations locales : ANEPE Caudalis, Groupe Chiroptères d’Indre et Loire, LPO Touraine et Spéléo-club de Touraine. Certains rassemblements, évalués à quelques milliers, constituent de véritables sites d’importances pour la biodiversité à l’échelle nationale.

Le patrimoine paysager et naturel de ce territoire, offre également de nombreux coins, idéal pour la reproduction des espèces. Une cinquantaine de colonies sont ainsi suivies chaque année par les différentes associations départementales. Ces dernières ont débuté un atlas acoustique visant à mieux connaître la répartition des 22 espèces présente en Indre-et-Loire.